Հայաստանի նոր կառավարությունն իր ծրագրում առանձին գլուխ է նվիրել եկեղեցուն՝ նշելով, որ «ապահովվելու է Հայաստանյայց Առաքելական Սուրբ Եկեղեցու փաստացի պետի հեռացումը (հանգստի կոչումը), և սահմանված կարգով իրականացվելու է Կաթողիկոսական տեղապահի ընտրություն»։
Կառավարությունը այս գործողությունները մտադիր է իրականացնել՝ «Հոգևոր անվտանգության խնդիրն ապահովելու, Հայաստանյայց Առաքելական Սուրբ Եկեղեցին հիբրիդային պայքարի հենակետ դարձնելու արտաքին ուժերի փորձերը բացառելու» համար։
Կառավարությունը նաև «ապահովելու է եկեղեցու կանոնադրության ընդունումը, որով պիտի սահմանվեն ֆինանսական թափանցիկության ու հոգևորականների բարեվարքության ապահովման կառուցակարգեր»։ Ծրագրով կառավարությունը խոստանում է նաև հոգևոր ծառայողներին սոցիալական երաշխիքների պետական համակարգում ներառել։
Կաթողիկոսին գահընկեց անելու Փաշինյանի նպատակը ամրագրվել է նաև իր ղեկավարած կուսակցության ծրագրում: Նախընտրական ծրագրով խոստանում էր մինչև 2031 թվականը հեռացնել Գարեգին 2-րդին: Մայր Աթոռի դեմ Փաշինյանի արշավը գագաթնակետին հասավ հատկապես վերջին մեկ տարում: Քրեական գործեր հարուցվեցին Կաթողիկոսի ու Մայր Աթոռին սատարող եպիսկոպոսների դեմ: Մի խումբ բարձրաստիճան հոգևորականներ ամիսներ շարունակ բանտում էին՝ տարբեր մեղադրանքներով: