Լեռնային Ղարաբաղի պաշտպանության նախկին նախարարի խափանման միջոցը փոխվեց «Ծառուկյան» և «Ելք» խմբակցությունների մեկ տասնյակից ավելի պատգամավորների երաշխավորագրերի հիման վրա:
Սամվել Բաբայանը վճռաբեկ ատյանում արդարացում էր պահանջում: Նա ճաղերի հետևում անցկացրեց մեկ տարի երեք ամիս:
Ազգային անվտանգության ծառայության շենքի առջև Բաբայանի մեծ թվով աջակիցներ էին հավաքվել՝ դիմավորելու ղարաբաղցի նախկին զինվորականին:
Ազատության մեջ Սամվել Բաբայանն ասաց, թե քաղաքական հետապնդման է ենթարկվել, իր դեմ գործը պատվեր էր․ Ազգային անվտանգության ծառայության բարձրաստիճան պաշտոնյան բաց տեքստով ասել է, որ խորհրդարանական ընտրությունների քարոզարշավի ժամանակ իրեն մեկուսացնում են, քանի որ աջակցում է Սեյրան Օհանյանի առաջնորդած նախընտրական դաշինքին․ - «Հայաստանում մի մարդ ա պատվեր տալիս․․․ Ես չգիտեմ անուն-ազգանունը: Դրդապատճառը եղել ա քաղաքական: Էն, ինչ որ ինձ անվտանգության շենքում ձերբակալելուց հետո խոսել են, խոսել են, որ մենք (ՕՐՕ դաշինքը) արդեն 5 տոկոսի շեմը անցել ենք և պատրաստվում ենք մեծ միտինգի, այսինքն՝ անցնելու ենք բոլոր շեմերը: Արդեն պառլամենտում իրանք չեն կարա ունենան մեծամասնությունը, որը ունեին: Լուրջ պրոբլեմ ա: Դրա համար պիտի ինձ ձերբակալեին: Իմ այն հարցին, թե ինչու ինձ, որ ցուցակում չկամ, լիդեր չեմ, ձերբակալեիք լիդերներից մեկին, պարզ բացատրել են՝ պարոն Բաբայան, Դո՛ւք եք կազմակերպում, Դո՛ւք եք ղեկավարում, Դո՛ւք եք մեզ պետք, Դո՛ւք եք խանգարողը: Անվտանգության [ծառայության] պետի առաջին տեղակալը զբաղվել ա օպերացիայով: Ինչ արել են, ոնց ձևակերպել են, դա ոչ թե քաղբանտարկյալ, այլ մարդուն առևանգել են ուղղակի պետականորեն»:
Սամվել Բաբայանը աղմկահարույց հայտարարություն արեց, թե Նիկոլ Փաշինյանի առաջնորդած թավշյա հեղափոխության օրերին իշխանություններն իր հետ բանակցել են, առաջարկել են կոչով դիմել ժողովրդին, որ դադարեցնեն բողոքի ցույցերը՝ փոխարենը խոստանալով իրեն ազատ արձակել․ - «Որին ես մերժել եմ: Եկել են հենց ձեր ասած անձի անունից: Ով ա, դա արդեն թողնենք հետագա: Հեղափոխությունը ձեր համար ա, բոլորիդ: Ազատության մեջ եք, ստրկությունից ձերբազատվել եք: Բոլորս: Ինձանից սկսած բոլորս»:
Սամվել Բաբայանը առաջիկայում Լեռնային Ղարաբաղ չի գնա: Ասաց, թե չի ցանկանում ապակայունացնել վիճակը:
Վերջին իրադարձություններին, հաջորդած պաշտոնանկություններին ծանոթ էր․ - «Իմ Արցախ գնալը կախված է Հայաստանի իշխանությունների որոշումից: Եթե Հայաստանի իշխանությունները, Հայաստանի հասարակությունը որոշի, որ ես պիտի էնդեղ լինեմ, ուրեմն ես կլինեմ էնդեղ: Բայց ներկա վիճակում Բաբայանը ոչ մի տեղ ո՛չ մտադիր ա գնա, ո՛չ մտադիր ա դեստաբիլիզացիա անի, ինչ-որ խնդիրներ դնի: Դա շատ լուրջ խնդիր ա, դա պետական խնդիր ա: Նրանք էլ, ովքեր հայտարարում են, մի պահ մտածեն ու հասկանան: Եթե [կարծում են] էդ պատասխանատվությունը ամեն մեկը կարա գնա, վերցնի իրա վրա, ուրեմն ապուշ են: Չի կարելի»:
Տևական բացակայությունից հետո 2016 թվականին վերադադառնալով Հայաստան՝ Սամվել Բաբայանն այցելել էր Ստեփանակերտ, ջերմ ընդունելության արժանացել, մի խումբ ցուցարարներ պահանջում էին նրան նշանակել Լեռնային Ղարաբաղի պաշտպանության նախարար: Բողոքի ակցիայի կազմակերպիչներից Ղարաբաղի Ազգային ժողովի պատգամավոր Հայկ Խանումյանը անհայտ անձանց կողմից դաժան ծեծի ենթարկվեց:
2000 թվականին էլ Բաբայանը դատապարտվել էր 14 տարվա ազատազրկման Լեռնային Ղարաբաղի նախագահ Արկադի Ղուկասյանի դեմ մահափորձ կազմակերպելու մեղադրանքով: Մոտ հինգ տարի անց նա ազատ արձակվեց՝ ներում ստանալով:
Վճռաբեկ դատարանի այսօրվա որոշումը վերջին տարիների համար եզակի էր․ դատական երրորդ՝ վերջին ատյանը որպես կանոն վարույթ չէր ընդունում քաղաքական հնչեղության գործերը:
Ընդհանուր իրավասության դատարանը ղարաբաղցի նախկին զինվորականին մեղավոր էր ճանաչել, որ նա դրդել է մի խումբ անձանց ձեռք բերել, փոխադրել և պահել ապօրինի ռազմամթերք՝ «Իգլա» զենիթահրթիռային համալիրը: Բացի այդ՝ որ փոխարկման միջոցով ձեռք է բերել հանցավոր ճանապարհով ստացված եվրո թղթադրամներ: Որևէ մեկը դատարանում Բաբայանի դեմ ցուցմունք չէր տվել: Վերաքննիչ ատյանը վճիռն անփոփոխ էր թողել: