Տաջիկստանը մեղադրել է Իրանին 1990-ականներին տաջիկստանցի բարձրաստիճան պաշտոնյաների նկատմամբ իրականացված մահափորձերին աջակցելու մեջ, մասնավորապես նշվում է 1999 թվականին երկրի խորհրդարանի նախագահ Սաֆարլի Կանջաևի սպանությունը։
45-րոպեանոց փաստավավերագրական ֆիլմում, որը հեռարձակվել է պետական հեռուստաընկերության եթերում, ներքին գործերի նախարարությունը պնդում է, որ Իրանը շահագրգռված էր Տաջիկստանում քաղաքացիական պատերազմ հրահրելով, այդ նպատակով ֆինանսական աջակցություն է տրամադրել Տաջիկստանի իսլամական կուսակցությանը, որի զինյալներն ուսուցում են անցել Իրանի տարածքում։
Տաջիկստանի և Իրանի միջև լարված հարաբերություններ եղել են նաև նախկինում, սակայն սա առաջին դեպքն է, երբ Դուշանբեն Թեհրանին բաց տեքստով մեղադրանքներ է ներկայացնում։