Կրեմլի քննադատ Միխայիլ Խոդորկովսկին թիվ մեկ կասկածյալն է 1998 թվականին Սիբիրի Նեֆտեյուգանսկ քաղաքի քաղաքապետ Վլադիմիր Պետուխովի սպանության գործում: Այս մասին հայտնել է Ռուսաստանի քննչական կոմիտեն, որը վերաբացում է տարիների վաղեմություն ունեցող քրեական այս գործը՝ երևան եկած նոր հանգամանքներով պայմանավորված:
Քննչական կոմիտեի խոսնակը հնարավոր է համարել, որ հենց Խոդորկովսկին է կազմակերպել այս, ինչպես նաև այլ լուրջ սպանություններ:
Խոդորկովսկու խոսնակը այս ենթադրությունները «ամառային ցնորք» է որակել: